La deuxième section de l’Institut Supérieur des Sciences Humaines, qui deviendra ultérieurement le CRAD, est créée en 1967 à l’initiative de Gérald Fortin. L’objectif de cette organisation est de s’occuper des problèmes d’aménagement et de développement du territoire. Au début des années 1970, alors que Marcel Daneau est directeur, le Vice-rectorat à la recherche et à l’enseignement recommande que la deuxième section soit détachée de l’Institut et que les chercheurs intéressés soient regroupés dans un centre de recherche en aménagement et développement. À cette époque, on mentionne déjà près d’une vingtaine de professeurs de différents départements comme membres réguliers. L’Université Laval crée officiellement le Centre de recherche en aménagement et développement en mai 1972 et lui donne le statut de centre multifacultaire relevant du Vice-rectorat à la recherche et à l’enseignement et, par la suite, du Vice-rectorat à la recherche et à la création.
Après deux années de démarrage, on assiste, à partir de 1974 et sous la direction de Pierre Guertin, à la réalisation des premiers projets de recherche. Durant cette période, l’axe « Aménagement du territoire » est une priorité. En 1978, Peter Clibbon obtient le double mandat de directeur du CRAD et de directeur du programme d’aménagement du territoire et développement régional (ATDR). La première année de son mandat a été marquée par l’installation définitive du CRAD au sommet du pavillon Félix-Antoine-Savard. Quant au Centre de documentation du CRAD, il est officiellement inauguré en décembre 1979.
En 1980, le Vice-recteur, devant l’ampleur de la tâche, sépare les postes de direction du programme d’ATDR et du CRAD. Malgré la division des directions, les contacts entre le programme et le CRAD demeurent très solides, de telle manière qu’on envisage, à partir de 1985, l’élaboration d’un programme de 3e cycle qui verra finalement le jour en 1996.
À partir de 1983, Jean-Gabriel Migneron assure la direction du CRAD. On assiste à la diversification des activités du centre, à la valorisation de ses intérêts régionaux et à l’augmentation du nombre de thèses produites. L’année 1986-1987 a été l’occasion d’une révision importante de la programmation scientifique, dans le sens d’une plus grande concentration des activités autour de quelques thèmes majeurs et dans le sens du renforcement de sa vocation régionale. De plus, à cette époque, grâce à la collaboration de l’Université et des différentes équipes de recherche, le CRAD se dote d’un laboratoire d’informatique appliquée et construit un réseau de communication qui regroupe tous les chercheurs.
Paul Villeneuve succède à M. Migneron à la direction du CRAD en 1991. À la fin de la décennie 1990, le resserrement de la programmation scientifique autour des axes majeurs suivants fut poursuivi : dynamiques socio-économiques urbaines et régionales; évolution de la mobilité spatiale des personnes; transformation des milieux ruraux et urbains; modélisation et analyse spatio-temporelle.
En 2000, Marius Thériault devient directeur du CRAD. Plusieurs chercheurs sont alors actifs dans GÉOIDE, un réseau de centres d’excellence canadien dédié à la géomatique, et au sein de Villes Régions Monde, un réseau québécois d’études urbaines et régionales. En 2002, la Chaire de recherche du Canada en l’aide à la décision territoriale se joint au CRAD. En 2005, c’est au tour de la Chaire de recherche du Canada en patrimoine religieux bâti.
Carole Després devient directrice du CRAD en janvier 2006. Durant son mandat, il y a eu recomposition des équipes et révision des axes de recherche. Les nouveaux axes sont les transformations de la ville, la viabilité des régions, la protection de l’environnement, l’amélioration des pratiques et les innovations, et un axe transversal qui regroupe les approches méthodologiques. Le CRAD a aussi obtenu des responsabilités accrues dans le réseau Villes Régions Monde, notamment en ce qui concerne l’organisation d’événements scientifiques.
Par ailleurs, le CRAD a célébré en 2008 ses 35 ans sous le thème « Québec et ses territoires ». À cette occasion, des activités ouvertes au public se sont déroulées durant quatre jours au Musée de la civilisation. Mettant en valeur les travaux des chercheurs et des étudiants du CRAD, ces activités visaient à susciter l’intérêt et la réflexion sur les enjeux et les défis qui concernent les villes et les régions au 21e siècle.
Après 35 ans d’existence, l’aménagement du territoire et le développement régional constituent un domaine de formation et de recherche qui contribue fortement au rayonnement international de l’Université Laval.